El Universo Marvel se está desgarrado. La Ley de Registro de sobrehumano se convierte en ley y Super Heroes debe registrarse como armas de destrucción masiva, convirtiéndose en agentes del gobierno con licencia. Como se agita Guerra Civil, Iron Man lleva el lado pro-registro, mientras que el Capitán América encabeza el soporte sobre Anti-Registro. Los enemigos que batalla y las misiones a lograr dependen de qué lado usted elija.